congeries: (f....)
congeries ([personal profile] congeries) wrote2007-08-21 04:49 pm

Genetics 2.0 ?



The $73.5 billion global biotech business may soon have to grapple with a discovery that calls into question the scientific principles on which it was founded.

Если перевести с этого псевдопоэтического языка на нормальный, то получается, что ожидает нас вскоре примерно такой же, пардон, paradigm shift, как при переходе от Ньютона к Эйнштейну (а то и подальше).

"Last month, a consortium of scientists published findings that challenge the traditional view of the way genes function. The exhaustive, four-year effort was organized by the United States National Human Genome Research Institute and carried out by 35 groups from 80 organizations around the world.

To their surprise, researchers found that the human genome might not be a "tidy collection of independent genes" after all, with each sequence of DNA linked to a single function, like a predisposition to diabetes or heart disease.

Instead, genes appear to operate in a complex network, and interact and overlap with one another and with other components in ways not yet fully understood. According to the institute, these findings will challenge scientists "to rethink some long-held views about what genes are and what they do." - Change to gene theory raises new challenges for biotech

Интересно, что на каком-то бессознательно-интуитивном уровне вся эта революция никакого когнитивного диссонанса не вызывает - вроде бы, ежу же должно было быть понятно, что там закручено всё должно быть не механистически-линейно, а по-сетевому ризомно как-нибудь (это как минимум; а то и ещё "хуже"). И как сильно должно было отличаться то, совсем недавно ещё обитавшее общество, которое легко и породило, и проглотило вот такие, "простые", "один ген-один белок" модели.

[identity profile] kostia-inochkin.livejournal.com 2007-08-21 03:10 pm (UTC)(link)
Все ниасилил - многа букаф.. Но то что там "один ген - один белок" уж сто лет никто не думает. И давно-о-о уже до борозды, по которой лошадь пашет, не упрощает))
Так что журналисты как всегда - только догоняют))

[identity profile] centralasian.livejournal.com 2007-08-21 03:39 pm (UTC)(link)
"сто лет" мы спишем на красоту слога, а вот в "никто" усомнимся: много, большинство так и думает (мы же говорим не об авангарде "учёной мысли", а про инвесторов и чиновников, дающих деньги на разработку лекарств, и манагеров, их команды реализующих. и про нас, конечно, потом эти таблетки глотающих (или там кукурузу едящих).

[identity profile] kostia-inochkin.livejournal.com 2007-08-21 07:45 pm (UTC)(link)
говоря "никто", я имею ввиду тех, кому положено знать такие вещи по профессии, а именно ученых, о которых и говорится в статье,и к которым я принадлежу. которые вдруг догадались, что ДНК - это непросто.
я закончил университет 7 лет назад, и даже тогда (что для молекулярной биологии - лет 20 в пересчете на нормальную человеческую жизнь) мы уже проходили утверждение "один ген - один белок" как давным-давно устаревшее.
а уж какая там немыслимая сеть и взаимосвязь всех процессов - это вам даже третьекурсник биофака подтвердит, не то что выпускник, который уже давно запутался))
я так понимаю, что статья не про манагеров написана, а про прорыв в биологии? так он по мне и не прорыв, а известная и сложная правда жизни...

[identity profile] centralasian.livejournal.com 2007-08-21 08:31 pm (UTC)(link)
статья начинается в того, как вот-вот закачается вся индустрия биотеха (индустрия, я не наука), потому что Наука совершила (в последние 4(!) года) супер прорыв в понимании мира (а именно, сетевая организация работы генов).

может, тут дело в нюансах? то есть, все что-то понимали уже (давно), но вот именно эти дяди (и тёти, конечно, из United States National Human Genome Research) - они как-то больше всех поняли? что-то совсем-совсем новое?

Например, в том же понимании, что такое "сетвая организация" ведь тоже много чего меняется в последнее время (я как раз недавно приводил пример работы "про это").

Я понимаю, что надо бы конечно, не статейки читать из International Herald Tribune, но уж что подвернулось под руку :(

[identity profile] kostia-inochkin.livejournal.com 2007-08-21 09:12 pm (UTC)(link)
ну, не 4, а скорее 24 )) да в общем, все равно))
не знаю, чего они там такого нового поняли, чего другие не знали - но все равно молодцы, что популярные статьи пишут, а вы молодцы, что их читаете. этим занимаются единицы)))

[identity profile] flaass.livejournal.com 2007-08-21 03:17 pm (UTC)(link)
У меня такой образ: хакер изучает коды компутерных игрушек. И он уже научился находить пул графических констант, может их сам нарисовать и распознать в картинках на экране, когда игрушка работает. Теперь ему остается только научиться распознавать и читать исполняемый код.

[identity profile] omant.livejournal.com 2007-08-21 03:25 pm (UTC)(link)
это не игра, а база данных. тут лисп поможет и рекурсия.

[identity profile] centralasian.livejournal.com 2007-08-21 03:33 pm (UTC)(link)
это такая рекурсивная игра

[identity profile] omant.livejournal.com 2007-08-21 04:20 pm (UTC)(link)
ну, если в этом смысле, так все игра (-:

[identity profile] centralasian.livejournal.com 2007-08-21 08:35 pm (UTC)(link)
хм, я как бы отсылал к подходу, демонстрируемом, например, в последней работе Хофстадтера I Am Strange Loop, o self-referential structures.

[identity profile] omant.livejournal.com 2007-08-22 12:39 pm (UTC)(link)
а я не читал и не понял (-:

[identity profile] flaass.livejournal.com 2007-08-21 03:38 pm (UTC)(link)
Неважно. Все равно эгзешник должен храниться где-то там же, вместе с данными. А они его, небось, называют "junk-DNA".

[identity profile] omant.livejournal.com 2007-08-21 04:23 pm (UTC)(link)
важно, в лиспе нет разницы между программами и данными
был бы интерпретатор (-:

[identity profile] flaass.livejournal.com 2007-08-21 04:33 pm (UTC)(link)
Хе, похоже :)
Но еще похоже - что именно на что-то подобное они и надеялись (с законами природы в качестве интерпретатора) - а им фиг.

[identity profile] omant.livejournal.com 2007-08-21 04:39 pm (UTC)(link)
наоборот, какой интерапретатор был, под такой и пришлось подстраиваться (-:

[identity profile] omant.livejournal.com 2007-08-21 04:44 pm (UTC)(link)
на самом деле, там все красивее сделано, два в одном - каждая из половинок является интерпретатором для своей части и данными для противоположной.

[identity profile] argrig.livejournal.com 2007-08-21 03:51 pm (UTC)(link)
>Instead, genes appear to operate in a complex network

Да, вот даже картинку для пущего страха можно показать.

[identity profile] centralasian.livejournal.com 2007-08-21 04:03 pm (UTC)(link)
вай, боюсь!

[identity profile] faceted-jacinth.livejournal.com 2007-08-21 05:45 pm (UTC)(link)
А это, наверное, от того, что многие люди вокруг имели достаточно вычислительной мощности, чтобы поиграться с генетическими алгоритмами (то есть 15-20 лет назад десктопа как бы не хватало, а пять лет назад -- уже вполне).

Например, я года четыре назад придумал себе виртуальный risc на девять инструкций (аккумуляторный, сложение, джамп/условный джамп, загрузка константы, mov, neg и ещё что-то побитовое) и запрогал генетическиалгоритмический генератор прожраммок. Умножение он довольно быстро научился делать, а вот с делением он за ночь нашёл штуку, работающую в 95% случаев, причём за полтора часа вдумчивого ручного трейсинга результата (50 команд в программе, десять виртуальных байт памяти) понять не удалось ничего вообще. То есть совсем. У него каждая пятая команда была условным джампом, часто обратным, у меня нет столько моска.

Вот как-то видимо знание об этом распространяется горизонтально.

[identity profile] urbansheep.livejournal.com 2007-08-22 07:52 am (UTC)(link)
Это глобальное движение по мере того, как мышлению общества адаптируется к нелинейным системам — я его вижу в последние десять-пятнадцать лет в нейросайнс, где пришли к тому, что не существует никаких единых зон в мозге которые бы однозначно занимались теми или иными задачами. А есть некоторые «предрасположенные кластеры», которые строятся поверх одних и тех же слабо специализированных нейронных связей, которые, в свою очередь, устроены достаточно сложно, чтобы работать на самые разные задачи.

И это, соответственно, ведёт к тому, что все разговоры про «мы используем ресурсы мозга на 10%» давно уже выброшены как миф, а парни из институтов всё дальше и дальше уходят в эксперименты по «перекручиванию» и перенаправлению мозговых ресурсов.

Тут тебе и взлом функций восприятия (о чём я недавно писал и давал ссылку на вайредовскую статью), и голографическая теория памяти, согласно которой под память задействуется не отдельная зона в мозге, а очень большое пространство, которое одновременно «и данные и программа» (то есть, нейронные связи, которые и обрабатывают, и хранят информацию), и всякие прекрасные исследования про то, как восстанавливаются базовые функции при мозговых нарушениях в детском возрасте — восстановление идёт за счёт перераспределения активности на прилежащие или «сходные по механизму работы» кластеры (в зависимости от сложности восстанавливаемых функций).

[identity profile] centralasian.livejournal.com 2007-08-22 07:59 am (UTC)(link)
о да, это всё правильно. опять же, хофстадтер пишет именно про это, как наше "я" - это такой динамический паттерн, постоянная рекурсия (создающаяся на базе постоянно активных нейронных сетей, но ими не являющаяся).